すべての始まりは、一体の神姫の失踪事件からだった――。神姫をボディーガードとして派遣する警備会社JOS。そこに所属する傭兵神姫・シャロンがある日、忽然と姿を消した。捜査にあたった通称“神姫担当”の刑事・神宮司は、早々に彼女の所在をつかむことに成功する。だが、彼はこの時すでに危険な領域へと足を踏み入れていることに気づいてはいなかった……。前作「武装神姫 LOST DAYS」のラストから半年、不良中年刑事の神宮司八郎が、新たな相棒神姫・アトラとともに帰ってきた!過去のトラウマに捕らわれた神宮司と、そんな彼を支えたいと願う献身的なアトラ。コンビとしても未熟な二人が、神姫による要人暗殺計画という巨大な陰謀へと立ち向かう
